El Rescate del Kazekage (Anime 001-032)
Sakura Haruno ha estado entrenando con Tsunade. Gaara se ha convertido en el Kazekage de su aldea y ha atraído la atención de Akatsuki que finalmente mediante Sasori y Deidara lo capturan. Mientras le están extrayendo el Biju a Gaara, el equipo Kakashi lucha con un clon de Itachi, el equipo de Maito Gai se enfrenta a un clon de Kisame. Tras romper los cinco sellos de la entrada de la cueva aparecen copias exactas de ellos mismos, con su misma fuerza, y deben pelear contra ellos. Peleas de Naruto y Kakashi contra Deidara y de Sakura y Chiyo contra Sasori. Naruto descubre que Gaara ha muerto y comienza a liberar las "colas" del Kyuubi. Posteriormente Chiyo decide usar su técnica prohibida con la cual resucita a Gaara a cambio de su propia vida.
El Tan Esperado Reencuentro (Anime 033-053)
Aparece Yamato un ninha ANBU con los genes del primer Hokage. Aparece Orochimaru y Naruto enfurecido libera parte del chakra de kyubi, hasta mostrar la cuarta cola del zorro. Tras obligar a Orochimaru a huir Yamato consigue sellar el chakra con la técnica Mokuton. Antes de que Orochimaru huyera, Sai se le muestra como espía de Danzo y le propone una alianza. Sai inmoviliza a Kabuto y van tras Sasuke que ataca a Naruto e incluso consigue neutralizar por completo el chakra del zorro, dejando a Naruto fuera de combate.
Los Destructores Inmortales: Hidan y Kakuzu (Anime 072-088)
Kakashi propone a Naruto la evolución del Rasengan con la ayuda de Yamato y usando la técnica Taju Kage Bunshin no jutsu para entrenar y conseguir experiencia a gran velocidad. Los miembros de Akatsuki, Kakuzu y Hidan, aparecen. Tsunade manda a Asuma y Shikamaru a enfrentarles. Hidan consigue matar a Asuma. Ino, Chouji y Shikamaru intentan vengarse y lo logran con la ayuda de Kakashi mediante un Raikiri y Naruto con su Futon Rasen Shurikennu. A la vuelta a Konoha, Tsunade le prohíbe repetir la tecnica y Kurenai revela que está embarazada de Asuma.
Kakashi Gaiden (Anime 119-120)
Kakashi Hatake con 13 años de edad tiene un grupo junto a Obito Uchiha y Rin, una ninja médico bajo el mando del sensi Minato Namikaze, el futuro Yondaime. La misión se sitúa en medio de la Tercera Gran Guerra Ninja. Kakashi estrena el chidori. Se cuenta como el legendario padre de Kakashi, Sakumo Hatake (el Colmillo Blanco de Konoha), se suicidó después del deshonor de salvar a sus compañeros en vez de cumplir una misión. Obito salva a Kakashi pero queda mortalmente herido y le regala su ojo izquierdo con el sharingan activado.
La Caza de Itachi (Anime 113-133)
Orochimaru intenta trasladarse al cuerpo de Sasuke pero falla, despues forma su propio grupo con Suigetsu, Karin y Jugo al que llama Hebi (serpiente) con la finalidad de derrotar a su hermano Itachi. Deidara decide ir tras Sasuke junto a Tobi antes de ir a por el Kyubi. Enfrentamiento entre Deidara y Sasuke. Pain, líder de Akatsuki, se encuentra en la Aldea Oculta de la Lluvia junto a su compañera Konan. Allí, Tobi, que se revela a sí mismo como Madara Uchiha y verdadero dirigente de Akatsuki al darle órdenes a Pain, le encomienda capturar al Kyubi. En Konoha, Jiraiya le informa a Tsunade que va a ir a luchar contra Pain, puesto que ya sabe su localización. Se revela que los padres de Naruto son Minato Namikaze, cuarto Hokage y Kushina Uzumaki. Jiraiya invoca a dos ancianos sapos y entra en modo ermitaño. Se revelan los seis cuerpos de Pain y Jiraiya reconoce en todos ellos a ninjas que ya ha visto antes, entre ellos a Yahiko. Jiraiya es derrotado y justo antes de morir comprende la verdadera naturaleza de Pain, y anota un mensaje cifrado. Sasuke llega ante Itachi, en la sala principal de la guarida de los Uchiha.
